Virus Zika pertama kali teridentifikasi di Uganda pada April 1947. Saat itu, virus diisolasi oleh para ilmuwan dari Yellow Fever Research Institutedari monyet-monyet rhesus yang telah ditempatkan dalam kandang di Hutan Zika, Uganda, dekat Danau Victoria.
Pada kurun waktu 1951 hingga 1981, bukti infeksi virus Zika terhadap manusia ditemukan pada setidaknya 6 negara-negara Afrika. Negara-negara tersebut ialah Republik Afrika Tengah, Mesir, Gabon, Sierra Leone, Tanzania, dan Uganda.
Di Asia, menurut rujukan Edward B. Hayes yang berjudul "Zika Virus Outside Africa"yang dimuat di jurnal CDC, diketahui bahwa virus ini juga menyebar di 6 negara Asia, salah satunya adalah Indonesia. Kelima negara lainnya adalah India, Malaysia, Filipina, Thailand, dan Vietnam.
